Butt war Teil der Nachwuchsabteilung von Manchester United und gewann unter Jugendtrainer Eric Harrison 1992 an der Seite von späteren Nationalmannschaftskollegen wie Gary Neville und David Beckham sowie den Walisern Robbie Savage und Ryan Giggs gegen Crystal Palace die Jugendausgabe des FA Cups. Erste Profierfahrungen sammelte er am 21. November 1992, als ihn Chef-Trainer Alex Ferguson während des 3:0-Siegs gegen Oldham Athletic für Paul Ince einwechselte. Es blieb jedoch sein einziger Einsatz während der Saison 1992/93 und auch während der folgenden Spielzeit 1993/94 bekam er in nur einem Ligaspiel eine weitere Bewährungschance. Erster sportlicher Höhepunkt war darüber hinaus im April 1994 seine Teilnahme am FA-Cup-Halbfinale, das erneut gegen Oldham Athletic mit einem 1:1-Remis endete.

Während der Saison 1994/95 kam Butt dann regelmäßig auf der zentralen Mittelfeldposition zum Zuge und obwohl „United“ keinen Titel gewann, hatte der Neuling speziell in der Champions League mit sechs Einsätzen auf sich aufmerksam gemacht. Als Ince schließlich 1995 den Verein verließ, war es nicht zuletzt Butt zu verdanken, dass die sportliche Lücke an der Seite von Roy Keane prompt geschlossen werden konnte. Zwar verfügte er nicht über eine vergleichbare Torgefährlichkeit, aber mit seiner reifen Spielanlage zählte er bald zu einem der einflussreichsten Spieler in der Premier League überhaupt, an deren Saisonende der Gewinn des Doubles aus englischer Meisterschaft und FA Cup stand. Zwei besonders wichtige Treffer sind ihm in der Ligapartie gegen den FC Liverpool sowie im Pokal gegen den AFC Sunderland (jeweils 2:2) gelungen.

Nach einem spektakulären 4:0-Erfolg am 11. August 1996 in der Charity-Shield-Partie – dem englischen Äquivalent des Supercups – gegen Newcastle United, in dem Butt den Treffer zum 2:0 geschossen hatte, verteidigte er in der Saison 1996/97 den Premier-League-Titel. Der mittlerweile zum englischen U-21-Kapitän beförderte Mittelfeldakteur hatte zwar zwischenzeitlich mit Verletzungen zu kämpfen, kam jedoch in 26 Ligapartien zum Zuge und schoss dabei fünf Tore – es sollte die beste Ausbeute in seiner gesamten Karriere im englischen Fußball bleiben. Obwohl Trainer Ferguson fortan den zunächst im Angriff platzierten Paul Scholes ins Mittelfeld zurückzog und damit Butt zusätzliche Konkurrenz bescherte, änderte sich an dessen Status wenig. Dies war jedoch auch Keanes schwerer Verletzung im September 1997 zu „verdanken“ und Butt kam in einer Saison 1997/98, die enttäuschend ohne Titel endete, im zumeist defensiven Mittelfeld auf insgesamt 33 Ligaeinsätze. In der Saison 1998/99 verlor er dann seinen mehr oder weniger fixen Platz im Mittelfeld von United. Ebenso wenig hilfreich waren Sperren, die gegen ihn aufgrund zweier roter Karten binnen fünf Tagen gegen den FC Barcelona und den FC Arsenal ausgesprochen wurden. Je nach taktischer Ausrichtung musste er seinen Platz neben Roy Keane oder Paul Scholes finden und fand sich häufiger auf der Ersatzbank wieder. Dennoch war die Spielzeit auch für ihn ein großer Erfolg. Wenngleich er an dem FA-Cup-Finalerfolg gegen Newcastle United (2:0) keinen Anteil hatte, errang er einen weiteren englischen Meistertitel und da sowohl Keane als auch Scholes im Finale der Champions League gegen den FC Bayern München gesperrt waren, setzte Ferguson im Mittelfeldzentrum auf das Duo Butt-Beckham und war mit dieser Maßnahme erfolgreich – sein Team eroberte mit dem 2:1-Sieg das „Triple“.

Auch in der Saison 1999/2000, in der er sich mit Scholes um den Platz an Keanes Seite stritt und den Iren im September 1999 vertrat, handelte er sich bei einem 5:0-Sieg gegen den FC Chelsea einen Platzverweis ein. Diese führte zu einer Sperre von drei Partien, die Butt dazu nutzte, sich an der Leiste operieren zu lassen. Nach seinem Comeback im November 1999 traf er bei der insgesamt enttäuschend verlaufenden Klub-Weltmeisterschaft 2000 gegen Vasco da Gama (1:3) und gewann zum Ende der Spielzeit eine weitere englische Meisterschaft. Zwar hatte er erneut nicht für die spielerischen Glanzpunkte gesorgt und sich gegen den FC Watford eine weitere rote Karte „eingehandelt“, aber Trainer Ferguson schätzte weiterhin Butts Zuverlässigkeit. Nach dem fünften Premier-League-Titel im Jahr 2001 und einer anschließend titellosen Saison 2001/02 verschlechterten sich Butts Perspektiven zunehmend. Schuld daran war neben einer dreimonatigen Pause, die Butt nach einer Verletzung aus einem Länderspiel gegen Mazedonien im Oktober 2002 einlegen musste, zunehmende Konkurrenz auf seiner Position – hier fiel vor allem Phil Neville auf. Dessen ungeachtet gewann er in der Saison 2002/03 seinen bereits sechsten Premier-League-Titel und im Jahr darauf den FA Cup. Das Pokalendspiel gegen den FC Millwall (3:0) war Butts letzter Pflichtspieleinsatz für Manchester United und beschränkte sich auf eine Einwechslung in der 84. Minute für den Schotten Darren Fletcher. Nachdem sich bereits im Dezember 2003 Spekulationen über einen Wechsel zum FC Middlesbrough oder Tottenham Hotspur gemehrt hatten, wechselte Butt im Sommer 2004 für 2,5 Millionen Pfund zu dem von Bobby Robson betreuten Newcastle United und unterzeichnete dort einen Vierjahresvertrag. Butt selbst hatte zuvor im Januar 2004 um einen Wechsel gebeten, ein unmittelbar folgendes Angebot von Birmingham City jedoch ebenso abgelehnt